完全に備忘録というか、あまりに初歩的すぎて(?)ググっても出てこなかったので。
大学のサークルで情報共有にdokuwikiを用いているのですが、ちょっと色々あって再インストールする羽目になって、元のwikiをディレクトリごとバックアップ取ってデータを新しい方にコピーしたのですが、生成されるページの一部だけリンクが壊れていたんです。
で、結果的に直ったんですが、原因はdokuwikiのドキュメントルートを指定していなかったからでした。明示的に指定しなくても自動で推測してくれるので、元々設定は空欄だったのですが、それがバックアップ側のディレクトリを読みに行ってたのが原因みたいです。